La Universidad Francisco de Paula Santander cuenta con un sistema de Bienestar, dirigido y coordinado por la Vicerrectoría de Bienestar Universitario, según el Estatuto General y Estructura Orgánica, la Vicerrectoría de Bienestar Universitario es un órgano de Gobierno encargado de programar y coordinar todas las actividades y servicios encaminados al desarrollo físico, mental, espiritual y social de los estudiantes, docentes y empleados de la institución, además sirve como vínculo de egresados y jubilados con la Universidad.