La Rectoría es una dependencia de la Universidad Francisco de Paula Santander a cargo del rector, quien es el representante legal y la primera autoridad ejecutiva de la institución; en tal carácter y en el ámbito de su competencia, es responsable de la gestión académica y administrativa, es quien debe adoptar las decisiones necesarias para el desarrollo y buen funcionamiento de la Institución.
Según lo dispuesto en el Acuerdo No.048 del 27 de julio de 2007 por el cual se compilan los Acuerdos que conforman el Estatuto General de la Universidad Francisco de Paula Santander, está constituido por:
Rector
Vicerrectoría Académica
Seccionales
Vicerrectoría Administrativa
Vicerrectoría de Bienestar Universitario
Otras Vicerrectorías
Secretaría General
Oficina de Control Interno
Oficina de Planeación
Oficina de Relaciones Institucionales y de Información.
Según acuerdo al Artículo 38 del Acuerdo No.048 del 27 de julio de 2007, las funciones del Rector son las siguientes:
a. Cumplir y hacer cumplir las normas legales, estatutarias y reglamentarias vigentes.
b. Evaluar y controlar el funcionamiento general de la Universidad e informar al Consejo Superior Universitario.
c. Ejecutar las decisiones del Consejo Superior Universitario.
d. Suscribir los contratos y expedir los actos que sean necesarios para el cumplimiento de los objetivos de la Universidad, ateniéndose a las disposiciones legales vigentes.
e. Someter el proyecto de presupuesto a consideración del Consejo Superior Universitario y ejecutarlo una vez expedido.
f. Con arreglo a las disposiciones pertinentes nombrar y remover al personal de la Universidad.
g. Designar Decanos encargados por un periodo no mayor a noventa (90) días, mientras se convoca la elección del titular por el resto del periodo.
h. Expedir los manuales de funciones y requisitos y de procedimientos administrativos.
i. Aplicar las sanciones disciplinarias que le corresponden por Ley o reglamento.
j. Convocar las elecciones de los miembros que de conformidad con las normas estatutarias hacen parte de las diferentes corporaciones representativas de la Universidad, de acuerdo con el reglamento que se establezca.
k. Presentar al Consejo Superior Universitario el Proyecto del Plan General de Desarrollo y del sistema de autoevaluación, previo concepto de los antes involucrados en su formulación y ejecución.
l. Las demás que le señalen las disposiciones vigentes y las que no están expresamente atribuidas a otra autoridad.
m. Nombrar y remover, según las disposiciones legales vigentes, al Auditor Interno de la Universidad.