Adscritos al Consejo Académico:
Comité Curricular Central. Organismo de naturaleza académica, de carácter multidisciplinario.
Comité Central de Investigación y Extensión. Organismo orientador del sistema de Investigación y Extensión de la Universidad.
Adscritos a la Vicerrectoría Académica:
Comité Interno de Asignación y Reconocimiento de Puntaje. Órgano decisorio que consulta la información de evaluación que proviene de las instancias que deben emitir conceptos cualitativos y cuantitativos del desempeño académico de los profesores de la Universidad Francisco de Paula Santander para su integración y recomendación de las decisiones académicas y administrativas.
Comité de Coordinación Académica. Organismo encargado de la planeación, integración y coordinación a corto plazo de las actividades del área académica que se desarrollan en concordancia con las políticas de los organismos de dirección y gobierno y el plan de desarrollo académico. Supervisa igualmente el desarrollo de estas actividades e informa a los organismos correspondientes para efectuar los correctivos necesarios.
Comité de Admisiones. Para los programas de Pregrado, Posgrado y Educación a Distancia, existirá el respectivo Comité de Admisiones.